В Магадане по традиции каждый пароход встречали и провожали торжественно, 3-го декабря для всех отъезжающих в отпуск был прощальный ужин, а на следующий день у борта "Феликса Дзержинского" гремел оркестр и произносились речи. Но когда Эдуард Петрович подошел к трапу, часовой потребовал документы.
Берзин спокойно достал документы и поблагодарил часового за хорошее несение службы. Возглас вохровца неприятно задел провожающих. Многим показалось тогда, что провожают они своего директора не в отпуск, а насовсем.
В Москве поезд приехали встречать жена Берзина с сыном и дочерью. Состав медленно подошел к перрону. Открылась дверь вагона, спрыгнула на перрон проводница, а мужа не видно было. Из вагона вышел шофер Берзина Ян Круминь, жена бросилась к нему, он ответил по-латышски, что Эдуард Петрович задержан в Александрове. В это время в квартире Берзина шел обыск. Двое людей тщательно делали свое привычное дело. Эти люди собирали в чемодан альбом фотографий, фотоаппарат, фотографии времен Гражданской войны. Исчезла и шашка с орденом Красного Знамени на эфесе — награда за разоблачение заговора Локкарта в 1918 году.
Поезд прибыл на станцию Александров. До Москвы оставалось еще 100 км. Но как только поезд остановился, в вагон вошли люди в форме НКВД. Берзину предъявили ордер на арест, подписанный наркомом Николаем Ежовым, потребовали снять орден Ленина, которым директор Дальстроя был награжден в 1935 году за освоение Колымы. Эдуард Петрович всегда носил награду на своей гимнастерке рядом со значком "Почетный чекист". Людям, пришедшим его арестовать, он спокойно сказал: – Лучше это сделайте вы сами.
И с него сорвали орден и значок. Арестованного доставили в Лефортовскую тюрьму. Берзина допрашивали работники наркомата. Ни одно обвинение не было доказано, а относились они к нему как к предателю, врагу народа. Семь с лишним месяцев физических страданий и душевных мучений…
Весной 38-го Эдуарда Берзина исключают из партии, а 1 августа за измену Родине, подрыв государственной промышленности, совершение террористических актов и организационную деятельность, направленную на свержение существующего строя, Военной коллегией Верховного суда СССР его приговаривают к высшей мере уголовного наказания. Через двадцать минут его расстреляли. Труп куда-то утащили. Приговор исполнил Начальник 12-го отделения 1-го спецотдела НКВД СССР, лейтенант госбезопасности Шевелев. Позже выяснилось, что тело Берзина после расстрела было вывезено на окраину Москвы — на спецобъект "Коммунарка", где вместе с другими трупами расстрелянных сотрудниками НКВД сброшено в общую яму. Его останки в настоящее время находятся там.